Фамилия Малай происходит от прозвища, которое давали по роду занятий или привычкам. В основе лежит слово «малай» — пшенное толокно, которое было обычной едой чабанов и пастухов. Поэтому Малаем чаще всего называли пастуха, хотя прозвище могло закрепиться и за человеком, который просто любил это кушанье.

Фамилия образована без суффикса — напрямую от прозвища. Это так называемая «неоформленная» фамилия, которая сохранила исходную форму слова. Такие фамилии встречаются реже, чем типичные русские фамилии на -ов/-ев или -ин, и в основном бытовали на юге России и в украинских землях, где пастушество было распространённым занятием.

Известен русский дворянский род Малаевых — потомков тех, кого в документах записывали как Малай. Предков этого рода жаловали поместьями в 1677 году и позднее. Род внесён в VI часть родословной книги Симбирской губернии, куда записывали только древнее дворянство, доказавшее своё происхождение до XVII века. Это говорит о том, что прозвище Малай существовало уже в XVI–XVII веках.

В других славянских языках слово «малай» могло означать «малорослый человек» или «младший», но для русской фамилии связь с пастушеской едой выглядит убедительнее — она подкреплена и диалектной лексикой, и социальным контекстом: в степных и южных регионах пастухи составляли заметную часть населения, и их прозвища часто переходили в фамилии.