Фамилия Малайко образована по распространённой в украинских и белорусских землях модели с суффиксом -ко. Этот суффикс уменьшительно-ласкательный или патронимический, то есть указывает на потомка человека по имени или прозвищу Малай. Таким образом, Малайко — это «сын Малая» или «младший Малай». В основе прозвища Малай лежит нарицательное «малай» — «пшенное толокно, обычная пища чабанов, пастухов». Так что это прозвище может относиться к так называемым «профессиональным» именованиям и косвенно указывать на род занятий предка: вполне возможно, что Малаем называли пастуха. Однако это прозвище мог получить и любитель этого кушанья.

Известен русский дворянский род Малаевых, чьи предки были жалованы поместьями в 1677 и других годах; род внесён в VI часть родословной книги Симбирской губернии. Фамилия Малайко, в отличие от Малаевых, происходит не из великорусских, а из западнорусских земель. Суффикс -ко типичен для фамилий, возникших на территории современной Украины и юго-запада Беларуси (так называемые «фамилии на -ко»). Позже прозвище Малай, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, а его уменьшительная форма с суффиксом -ко закрепилась в фамилии.