Фамилия Малинко образована по одной из самых распространённых в украинской и южнорусской ономастике моделей — с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ко. Этот суффикс в XVI–XVII веках активно присоединяли к основам прозвищ и имён, превращая их в наследственные фамилии. В основе фамилии лежит прозвище Малина.

Само прозвище Малина восходит к названию лесной ягоды. В народной культуре малина символизировала сладость, красоту и изобилие. Давая ребёнку такое прозвище, родители желали, чтобы природа приняла его как своего, а вместе с именем к нему перешли и лучшие качества этого растения: цветущий вид, привлекательность, здоровье. В быту Малиной или Малинкой чаще называли красивую девушку, завидную невесту, но прозвище могли дать и мужчине — миловидному, румяному, любившему нарядно одеться. Со временем прозвище закрепилось за родом, вытеснив крестильное имя, и в документах начало передаваться по наследству уже как фамилия Малинко.

Отличительная черта фамилии — её суффикс. Если в великорусских землях прозвище Малина чаще превращалось в фамилию Малинин (с суффиксом принадлежности -ин), то на украинских и белорусских территориях возобладала модель с -ко. Такая форма указывала не на прямую принадлежность отцу («чей сын?»), а скорее на ласкательное или уменьшительное отношение к носителю прозвища. Поэтому Малинко — это не «сын Малины», а скорее «маленькая Малина» или просто человек, которого в округе называли Малиной. Фамилия широко бытует на Левобережной Украине, в частности на Полтавщине и Черниговщине, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Ставрополье.