Фамилия Малко — один из тех случаев, когда на историю рода могут претендовать сразу две языковые традиции, и обе звучат убедительно. Самая вероятная версия связывает фамилию с еврейским женским именем Малка. В переводе с иврита оно означает «царица». Имя было распространённым и часто давалось долгожданной дочери с пожеланием счастливой и богатой жизни. От имени Малка через патронимический суффикс -о (характерный для некоторых еврейских фамилий на территории Восточной Европы) и возникла фамилия Малко.

Вторая гипотеза отводит фамилии славянские корни. Здесь основой выступает прозвище Малко, которое напрямую связано с прилагательным «малый». Такое прозвище в древности отражало внешность: невысокий рост, худощавое телосложение. Впрочем, на Руси «малым» нередко называли младшего сына в семье, поэтому прозвище могло закрепиться за человеком не из-за роста, а по порядку рождения.

Форма фамилии — на -о — не редкость для украинских, белорусских и южнорусских земель. В Книге памяти Республики Татарстан есть запись о еврее Матвее Ивановиче Малко, родившемся в 1890 году в деревне Джугастры Ольго-Польского уезда Хмельницкой области. Этот пример показателен: фамилия оформлена по славянской модели, но носитель — еврей. Для евреев, живших в славянском окружении, это обычное дело: фамилии могли принимать суффиксы -ин, -ов/ев, -ович/-евич, -енко, -о, -ский, -чик. В то время как у ашкеназских евреев фамилии чаще образуются с помощью формантов -сон/-зон («сын»), -ман («человек, мужчина»), -кинд («ребенок»), -бейн («кость»), -штам («ствол»), -ер, -с.

Так что фамилия Малко стоит на перекрёстке двух культур. Она могла появиться и как «царский» подарок дочери в еврейской семье, и как бытовое прозвище младшего или невысокого человека в славянской среде. Обе версии имеют право на жизнь, и без дополнительных генеалогических данных решить, какая из них верна для конкретного рода, почти невозможно.