Фамилия Малюков образована от имени или прозвища Малюка. В русской традиции так могли назвать самого младшего, маленького ребенка в семье — от слова «малый». Это не столько прозвище, сколько внутрисемейное ласкательное имя, которое давали малышу и которое закреплялось за ним в быту. Потомок человека с таким именем со временем получил фамилию Малюков.

Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Малюков, то есть сын или потомок Малюки). Основа Малюк- содержит уменьшительно-ласкательный суффикс -юк-, который в древнерусском языке часто использовался для образования личных имён и прозвищ (ср. Малюта, Малявка, Малюшка). Такая модель была особенно распространена в северных и центральных областях России.

В ономастике нет единого мнения, считать ли Малюка исключительно мирским именем или прозвищем. Скорее всего, граница была размыта: до введения обязательных фамилий в XVII–XVIII веках в крестьянской и посадской среде ребёнка могли записать в церковной книге полным христианским именем, а в быту звать Малюкой — по росту или возрасту. Со временем это бытовое имя стало основой фамилии.

Фамилия Малюков встречается в разных регионах, но заметная концентрация носителей исторически прослеживается в бывших Рязанской, Тамбовской и Пензенской губерниях. Это косвенно указывает на то, что прозвище Малюка было особенно употребительно в рязанских говорах, где «малюка» могло означать не только ребёнка, но и человека невысокого роста вообще.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Малютин, Малюшкин, Малявкин) показывает, что все они восходят к одному корню — «мал» — но различаются суффиксами, которые придавали исходному прозвищу разные оттенки. Малюков — один из самых прямых вариантов, без дополнительных уменьшительных наслоений, что говорит о его раннем и естественном закреплении в качестве фамилии.