Основой фамилии Малюков послужило мирское имя Малюка. Фамилия Малюков, скорее всего, была образована от имени, которое родители дали ребенку. В семьях ребенка часто называли просто Малюка, и это прилагательное использовалось скорее в качестве внутрисемейного ласкательного имени, чем прозвища. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малюка, со временем получил фамилию Малюков.