Основой фамилии Маленко послужило мирское имя Маленя. Маленя — старинное редкое имя того же корня, что прилагательное «малый». В прошлом в семьях ребенка часто называли просто Малой, Малец или Маленя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Маленя, со временем получил фамилию Маленко.