Фамилия Маличенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Малахий. Малич — это украинская просторечная форма церковного мужского имени Малахий, что в переводе с древнееврейского означает «посланник Божий». В истории церкви известен пророк Малахий, живший в V веке до нашей эры. Согласно другой версии, фамилия образована от прозвища Малич, которое восходит к прилагательному «маленький». В этом случае так могли прозвать низкорослого, миниатюрного человека.