Фамилия Маличенко — характерный пример украинской модели фамилии с патронимическим суффиксом -енко, который указывает на происхождение от отца: «маленький Малич», «сын Малича». Такие фамилии массово закрепились на Левобережной Украине, в частности на Полтавщине и Черниговщине, с XV–XVII веков.

В основе лежит имя или прозвище Малич. Здесь возможны два объяснения, и оба имеют под собой почву.

Первое — имя Малич как украинская просторечная форма церковного имени Малахий. В древнееврейском это имя означает «посланник Божий». В Ветхом Завете известен пророк Малахий, последний из так называемых малых пророков, живший в V веке до нашей эры. На Руси имя было редким, но в народной среде его могли переделать в более привычное Малий или Малич — так же, как Иоанн превращался в Иван, а Малахий в Малáха или Малéй.

Второй вариант — прозвище Малич от прилагательного малий («маленький»), то есть «малыш», «невысокий человек». Такие прозвища давали по росту или возрасту, и они легко становились основой для фамилий: Малый, Маленко, Малич, Маличенко.

Какой вариант правдоподобнее? В украинской ономастике фамилии с суффиксом -енко чаще образуются от личных имён (в том числе крестильных), а не от прозвищ. К тому же фамилия Маличенко не единична: есть однокоренные Малич, Малéнко, Малúк — и все они могут восходить к имени Малахий. Однако окончательно отбросить прозвищную версию нельзя: в документах XVII века встречаются казаки с прозвищем Малич, и не все они были названы в честь пророка.

Так что носитель фамилии Маличенко может вести род либо от человека по имени Малахий (в бытовой форме Малич), либо от низкорослого предка, которого так прозвали в селе. Оба корня — живые, и оба дают фамилии не один век.