Фамилия Малин (и её форма Малины) звучит как уменьшительно-ласкательное, но корень у неё, скорее всего, не сладкий, а ростовой. Самая распространённая версия связывает её не с ягодой, а с мирским именем Мал. В старых русских семьях младшего сына, последнего ребёнка, часто называли просто Мал, Малой или ласково Малин — по росту или по старшинству. Так имя-прозвище, данное в быту, закрепилось за потомком как фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Малин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Малин. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Если говорить о форме Малины (с окончанием -ы), то это либо множественное число, обозначающее весь род («семья Малиных»), либо диалектный вариант фамилии, характерный для северных и сибирских говоров.

Спорная, но менее правдоподобная версия — связь с ягодой малиной. Прозвище Малина могли дать за любовь к этой ягоде, за румянец или за сладкий нрав, но в ономастике такие «растительные» фамилии обычно образуются через суффикс -ов (Малинов), а не -ин. Исключение — если прозвище уже звучало как Малина, но тогда фамилия писалась бы через «а» в корне, что встречается реже. Поэтому версия с именем Мал считается основной и поддержана словарями Б. Унбегауна и В. Никонова.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий шёл несколько столетий, с XV по XVII век. Ясно одно: фамилия Малин — не случайный набор звуков, а застывшее прозвище, которое могло рассказать о положении человека в семье.