Фамилия Малюкины — классический пример русской фамилии на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «Малюкин», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Малюка. Эта модель — одна из самых распространённых в России, особенно в северных и центральных областях.

Основа фамилии — мирское имя Малюка. В древнерусской традиции такие имена не были редкостью: они служили внутри семьи, а не при крещении. Имя Малюка напрямую связано с украинским словом «малюк» — «маленький ребёнок, малыш». Чаще всего его давали младшему сыну, чтобы выделить его среди старших братьев. Аналогичная логика действовала для имён Малой, Малец, Малюша — все они указывали на младшего по возрасту или росту.

Есть и другая версия: фамилия могла пойти от прозвища, данного взрослому человеку за невысокий рост. Такая гипотеза правдоподобна, но уступает первой: прозвища, образованные от «малый», обычно фиксировались в формах Малой или Маленок, а вот Малюка устойчиво ассоциируется именно с ребёнком. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта модель разбирается как типичная для имён-характеристик по возрасту.

Точное место возникновения фамилии Малюкины не установлено. Процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий, и носители этого родового имени встречаются в разных регионах. Однако характерная основа и суффикс позволяют уверенно отнести её к пласту славянских фамилий, образованных от дохристианских имён.