Фамилия Малинины — одна из тех, что образована напрямую от прозвища, а не от крестильного имени. В основе лежит слово «малина» — всем известная ягода. Модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Малинин — это сын Малины.

Прозвище Малина могло возникнуть по-разному, и здесь есть любопытный нюанс. Чаще всего его объясняют как «растительное»: родители, давая младенцу такое имя, действовали по древней славянской традиции — хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего и передала ему полезные качества. Вполне возможно, что Малиной ласково называли любимого ребёнка в семье.

Но есть и другая, не менее правдоподобная версия. «Малиной» в старину могли прозвать за цвет лица или румянец — по аналогии с ягодой. Такие прозвища по внешним признакам были очень распространены.

Поскольку фамилия Малинин заканчивается на -ин, а не на -ов, её основа чаще всего была нецерковным именем или прозвищем, оканчивающимся на -а. Это характерно для северных и центральных регионов России. В словаре Б. Унбегауна такие модели отнесены к числу древнейших русских фамилий.

В итоге предок современных Малининых мог быть либо человеком с ласковым домашним именем Малина, либо обладателем яркого румянца, либо даже — реже — сборщиком или продавцом этой ягоды. Но последняя версия менее вероятна: прозвища по занятию редко оформлялись суффиксом -ин, предпочитая -ов/-ев.