Фамилия Малынин — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована не от прямого прилагательного, а через уменьшительно-ласкательный суффикс. В основе лежит прилагательное «малый» в значении «невысокий ростом», «младший по возрасту» или «незначительный». Но если бы фамилия звучала как Малин или Малый, она была бы слишком простой. Малынин же пошёл от прозвища Малыня — так в старину называли младшего сына, подростка или просто человека небольшого роста с оттенком ласки (суффикс -ын-/-ин- здесь выполняет роль притяжательности: «чей?» — Малынин, то есть сын или потомок Малыни).

Интересно, что слово «малыня» в русских говорах могло иметь и более конкретное значение. В некоторых регионах так называли не просто маленького человека, а карлика или очень низкорослого крестьянина. Однако в большинстве случаев Малыня — это внутрисемейное прозвище, которое закреплялось за младшим ребёнком, чтобы отличать его от отца или старших братьев. В этом смысле фамилия Малынин типологически близка таким фамилиям, как Меньшов, Меньшиков или Малюткин — все они указывают на младшего в роду, а не на физический недостаток.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду с Малыгин, Малышев, Мальцев, но отличается суффиксом. Суффикс -ин в фамилии Малынин не имеет вариантов -ов, потому что основа Малыня заканчивается на -я (мягкий согласный). Это типично для северных и центральных областей России, где притяжательные фамилии на -ин особенно распространены. В южных регионах ту же основу могли бы оформить как Малыненко или Малынюк.

Географически фамилия Малынин не является редкой, но и не сверхраспространённой. По данным переписей, она чаще встречается в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её «северное» происхождение: суффикс -ин в этих краях вытеснял -ов активнее, чем на юге. Встречаются варианты написания с одной «н» — Малынин и с двумя «н» — Малыннин, но исторически верным считается первый вариант: суффикс -ин присоединяется к основе, не удваивая согласную, если только сама основа не заканчивается на -ин (как в фамилии Ильин).

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилия Малынин не выделяется отдельно, но разбирается в группе фамилий от прилагательного «малый» с уменьшительными суффиксами. Там же отмечается, что подобные фамилии часто возникали в крестьянской среде, где прозвища по возрасту или росту были удобным способом идентификации в многодетных семьях. Таким образом, предки современных Малыниных — скорее всего, крестьяне или посадские люди, жившие не южнее Рязани.