Фамилия Малын — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных фамильных суффиксов -ов, -ев, -ин. Она застыла в форме чистой основы, что характерно для украинской и белорусской традиции, где фамилии на согласный (Ткач, Гончар, Коваль) встречаются гораздо чаще, чем в великорусской среде. В русском же языке такие фамилии — редкость, и Малын как раз из их числа.

Корень здесь прозрачный: мал- (от общеславянского *malъ — «небольшой, невысокий»). Но суффикс -ын (или -ин) вносит неоднозначность. Если бы фамилия звучала как Малы́нов, вопросов бы не было — это типичное притяжательное прилагательное от прозвища Малы́н. Но в форме Малы́н мы видим либо усечённый вариант (отпал суффикс -ов), либо прямое прозвище, которое дали человеку маленького роста или младшему в семье. В украинском языке слово «малин» может означать «малыш, карапуз» — это и есть самая вероятная основа.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с ягодой — малиной. Но здесь мешает ударение: в фамилии оно падает на последний слог (Малы́н), а в названии ягоды — на первый (ма́лина). Такое смещение возможно при диалектном произношении или при переходе прозвища из говоров, где «малын» — это и есть «малина». Однако ономасты (например, в работах Ю. К. Редько по украинским фамилиям) склоняются к первой версии: прозвище от «малый» с уменьшительным суффиксом -ын, как в словах «сынок» — «сынын», «дитятко» — «дитын».

Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины и югу Беларуси, откуда она могла попасть в центральную Россию в XIX–XX веках. Встречается она и у поляков (Malyn) — там она тоже восходит к значению «маленький». Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и казаки — прозвище по росту или возрасту давали всем.

Если искать однокоренные фамилии, то самые близкие — Малышев, Малыхин, Малютин. Но Малын стоит особняком: она короче, звонче и не выдаёт сразу, откуда родом носитель. Для человека, который ищет свою фамилию, это сигнал: предки почти наверняка были с запада или юго-запада Руси, а прозвище получили за невысокий рост или младшинство в роду.