Фамилия Малоголовец — редкий пример, где прозвище застыло в форме, почти не изменившейся с XVI–XVII веков. В её основе лежит не имя, а меткое бытовое прозвище Малоголовец — «человек с маленькой головой». Такие прозвища давали по заметной внешней черте, и в старых переписных книгах можно встретить параллельные варианты: Малоголов, Малоголовка, а также Малоголовик. Форма на -ец типична для украинской и южнорусской традиции: суффикс -ец часто указывал на лицо по характерному признаку (ср. Бородавец, Носовец).

Словообразовательная модель проста: основа «мало-» (малый, небольшой) + «голов-» (голова) + суффикс -ец. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Малоголове́ц. В украинском языке фамилия выглядит как Малоголовець — с мягким знаком на конце, что подтверждает её юго-западное происхождение. Географически фамилия встречается в основном на западе Украины (Волынь, Подолье) и в приграничных областях Беларуси и Польши; в России она редка и чаще фиксируется среди потомков переселенцев с Украины.

Споров вокруг этимологии почти нет: значение прозрачно, а альтернативные версии (например, связь с названием насекомого «малоголовка») — натяжка, так как в ономастике нет подтверждений, что прозвище давали по насекомому. Социальный контекст тоже ясен: носитель прозвища был, скорее всего, крестьянином или казаком — в дворянских родословных эта фамилия не засветилась. Фамилия не переосмысливалась в советское время и сохранила исходное прозвищное звучание, что делает её ценным маркером живой народной антропонимии.