Фамилия Малокост — редкая и неочевидная. На первый взгляд она напоминает описательное прозвище: «малый кость», то есть человек с небольшим телом, худой или низкорослый. Однако такое прямолинейное толкование вряд ли верно: в русской ономастике почти нет фамилий, образованных от сочетания прилагательного «малый» с существительным в именительном падеже. Гораздо чаще встречаются формы вроде Малокостенко или Малокостев, где основа яснее.

Скорее всего, Малокост — это усечённая или диалектная версия фамилии Малокостенко, распространённой на юге России и в Беларуси. Суффикс -енко (в исходной фамилии) указывает на украинское или белорусское происхождение: так называли сына или потомка человека по прозвищу Малокост. Само прозвище могло относиться к тому, кто был «малокостным» — то есть субтильным, лёгким на подъём, или, наоборот, к тому, кто торговал мелкой костью (например, рыбьей или птичьей). В некоторых говорах «костью» называли скелет, остов, а «малая кость» — нечто хрупкое, неосновательное.

Другая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть от прозвища Малакаст — так в западных регионах могли искажённо называть выходца из местечка Малакост (гипотетический топоним). Однако подтверждений такому населённому пункту нет.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: она не имеет типичного фамильного суффикса (-ов, -ин, -ский). Это значит, что её зафиксировали в документах либо в краткой форме (как застывшее прозвище), либо уже после усечения более длинного варианта. Встречается она преимущественно в единичных записях, без привязки к конкретному региону, что говорит о её редкости и, возможно, об искусственном происхождении — например, при переписи могли неверно записать фамилию, отбросив окончание.

Кем могли быть предки? Скорее всего, крестьянами или мещанами из южнорусских или белорусских губерний, получившими прозвище за внешность или род занятий. Точных сведений о сословной принадлежности нет, но по модели образования фамилия не дворянская: дворянские роды редко обходились без суффикса -ов/-ев.