Фамилия Малооков — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, настолько прозрачно, что почти не оставляет простора для споров. Корень здесь очевиден: «малоокий», то есть тот, у кого маленькие глаза, либо, что реже, человек с плохим зрением (в диалектах «оком» называли не только глаз, но и зрение в целом). Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Малооков — сын Малоокого, внук человека с таким прозвищем. Фамилия довольно редкая и, скорее всего, возникла в среде крестьян или посадских людей, где внешние приметы служили главным отличительным признаком вплоть до введения обязательных фамилий.

Интересно, что в русских говорах слово «малоокий» могло иметь и переносное значение — так говорили о невнимательном, рассеянном человеке, который «мало смотрит». Однако в ономастике принято отдавать предпочтение прямому, самому наглядному значению: прозвища по физическим особенностям давались в первую очередь. Сравните с фамилиями Кривооков, Белоглазов, Чернооков — все они построены по одному принципу и описывают внешность, а не характер.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям. В дореволюционных списках она встречается в Тульской, Рязанской и Курской губерниях — именно там диалектное «око» вместо литературного «глаз» держалось дольше всего. Встречаются также варианты написания через «а» — Малаоков, но это скорее результат акающего произношения, а не отдельная ветвь.

Словообразовательно фамилия интересна тем, что прилагательное «малоокий» образовано сложением двух корней (мало- + -ок-), что для русских прозвищ нехарактерно: обычно такие сложения давали фамилии знати (Долгорукий, Косоглазый), но в простонародье они тоже встречались, хоть и реже. Малооков — как раз пример того, что модель с двумя корнями работала и в низших сословиях.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Малоокова нет, но он разбирает схожие примеры — Малоокий, Белоокий, — подтверждая, что основа связана с внешностью. Если и есть альтернативная версия (например, от тюркского «малай» — мальчик, с переосмыслением), то она слабая: при тюркском заимствовании фамилия выглядела бы иначе, скорее как Малаев или Малахов. Так что наиболее правдоподобная и простая версия — от прозвища по признаку маленьких глаз.