Фамилия Малштейн образована от аналогичного прозвища, которое восходит к немецкому нарицательному Malstein, что в переводе на русский язык означает «пограничный камень, памятник». Можно предположить, что предок обладателя фамилии Малштейн был строителем, либо занимался изготовлением памятников.