Фамилия Малтынский — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она имеет польские или западнорусские (белорусские, украинские) корни, на что указывает суффикс -ский. В старой Речи Посполитой такие фамилии были типичны для шляхты, но со временем распространились и среди крестьянства, особенно после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным нередко давали фамилии по названию имения или села.

Основа «Малтын» почти наверняка восходит к просторечной форме имени Мартын (от латинского Martinus — «посвящённый Марсу», «воинственный»). В украинском и белорусском языках имя Мартын часто произносили как «Малтын» (с переходом «р» в «л» — явление, известное в некоторых говорах). Таким образом, Малтынский — это «тот, кто происходит от Малтына». Фамилия образована по типичной модели: личное имя (или прозвище) + патронимический суффикс -ин- + топонимический суффикс -ский. Буквально: «сын Малтына», но оформленный как дворянская или землевладельческая фамилия.

Версия о том, что в основе лежит географическое название, менее вероятна, но не исключена. На картах Польши, Беларуси и Украины можно найти хутора или урочища с названием Малтыны или Малтын (от того же имени). Тогда Малтынский — это «приехавший из Малтына», то есть помещик, владевший этим хутором, или крестьянин, переселённый оттуда.

Встречается и вариант написания через «о» — Молтынский. В старых документах могли писать на слух, поэтому обе формы — варианты одной фамилии. В России носители фамилии встречаются редко, в основном в западных областях и в Сибири, куда переселенцы уходили в XIX–XX веках. Сословной принадлежности предков по одной фамилии не определить: Малтынскими могли быть и обедневшие шляхтичи, и крестьяне, получившие фамилию от помещика. Единственное, что можно сказать с уверенностью: корень фамилии — не тюркский и не финно-угорский, а славянский, адаптированный через народную речь.