Фамилия Малтин — редкий случай, когда исходное слово почти не оставило следов в современном языке. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, который прямо указывал бы на отчество, и это сразу сужает круг поиска. Скорее всего, перед нами прозвищная фамилия, образованная от слова «малта» или «малтать».

В диалектах русского Севера и Сибири, а также в некоторых говорах Поволжья «малтать» означало «мельчить», «крошить», «толочь», а также «говорить невнятно, бормотать». Человек, получивший прозвище Малта, мог быть либо тем, кто занимался измельчением зерна или коры (толоконщик, мельник), либо, что вероятнее, неразборчивым в речи бормотуном. Фамилии на -ин в этом случае не появилось, потому что основа уже заканчивалась на -а, и суффикс -ин был бы избыточен: Малта → Малтин — это просто форма притяжательного прилагательного («чей?» — Малтин сын).

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с этнонимом «малтинец» (житель острова Мальта). Однако для русской почвенной фамилии это маловероятно: такие прозвища давали либо иностранцам, либо людям, побывавшим в дальних странах, что в допетровской Руси было редкостью. Куда правдоподобнее, что корень местный, диалектный.

Географически фамилия привязана к северным и центральным областям России. Встречается она в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Пермском крае — там, где слово «малтать» было в ходу. Носителей немного, фамилия нечастотная, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одной или двух соседних волостях и не разошлась широко.

С точки зрения словообразования, Малтин стоит в ряду таких же прозвищных фамилий, как Болтин (от «болтать»), Ковтун (от «ковтать» — глотать), Варгин (от «варга» — рот). Общая модель — основа на -а, нулевой суффикс, окончание -ин. Если бы прозвище звучало как Малто, фамилия была бы Малтов; если бы как Малтый — Малтынов. А Малтин — это именно «сын того, кого звали Малта».