Фамилия Малулин — редкий пример, когда суффикс -ин присоединился не к привычному имени или прозвищу на -а/-я (как в фамилиях Иванов, Петров), а к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. Обычно в таких случаях появляется суффикс -ов: скажем, от прозвища Малый образовалась бы фамилия Малый → Малов. Но здесь мы видим -ин, что указывает либо на диалектное произношение, либо на то, что исходное слово в народной речи склонялось по образцу существительных мужского рода с окончанием -а: Малула. Такая модель встречается реже и говорит о том, что фамилия формировалась в среде, где цокали или акали, либо в условиях, где прозвище было переосмыслено как «женское» по форме.

Корень фамилии — мал-, то есть «небольшой по размеру, младший по возрасту». Самый прямой вариант происхождения: один из предков получил прозвище Малул или Малула за невысокий рост, юный возраст или за то, что был младшим сыном в семье. В русских говорах слово «малуля» могло означать «малыш», «маленький ребёнок» — ласкательное образование от «малый». Фамилия Малулин, таким образом, буквально значит «сын Малулы» или «потомок того, кого звали Малулом».

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: связь с тюркским именем Малул (от арабского «малуль» — «печальный», «тоскующий»). Однако для русской фамилии это нетипично: суффикс -ин указывает на славянскую антропонимическую модель, а тюркские имена обычно давали фамилии на -ов (Малулов). Поэтому версия с прозвищем от «малый» выглядит убедительнее.

Географически фамилия Малулин встречается крайне редко, в основном в центральных и северных областях России — там, где сохранились архаичные формы словообразования. В дореволюционных переписях её почти нет, что говорит о незнатном происхождении носителей: скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в глухой деревне, где прозвище закрепилось за целым родом. Известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что делает её ценной для локальной генеалогии — каждый Малулин может считаться носителем редкого ономастического артефакта.