Фамилия Малыняк — яркий пример восточнославянской модели образования фамилий от прозвищ, указывающих на физические особенности человека. В основе лежит корень «мал-» (небольшой, низкорослый). Это одна из самых распространенных основ для прозвищ на Руси, давшая множество фамилий: Малый, Малов, Малюта, Мальцев, Малышев и десятки других. Малыняк стоит в этом ряду особняком благодаря своему редкому суффиксу.

Суффикс «-як» в русских, украинских и белорусских фамилиях обычно указывал на принадлежность к какой-то группе или характерный признак: Гуляк (гуляка), Кривоносюк (кривой нос), Довгаль (длинный). В случае с фамилией Малыняк прозвище, скорее всего, означало «маленький человек», «коротышка» — с оттенком постоянного свойства. То есть это не разовое обращение, а устоявшаяся характеристика, которая закрепилась за родоначальником.

Географически фамилия Малыняк тяготеет к западнорусским землям и современной Украине. Суффикс «-як» очень характерен для украинской ономастики (сравните: Вовк — Вовчак, Дуб — Дубчак). Поэтому с высокой вероятностью предки носителя фамилии происходят с территории современной Западной или Центральной Украины, либо из юго-западных областей Беларуси. В этих регионах прозвища на «-як» были особенно продуктивны в XV–XVII веках.

Встречается и более редкая версия — связь с диалектным словом «малына» в значении «малина». В таком случае фамилия могла произойти от прозвища сборщика ягод или человека, жившего у малинника. Однако это менее вероятно: в славянской традиции прозвища от названий ягод образуются реже, чем от прямых характеристик роста, а суффикс «-як» в таком значении почти не встречается. Более правдоподобно считать Малыняк прямым потомком древнерусского прозвища Малый, но с местным, диалектным суффиксом.