Фамилия Малышняк образована от имени или прозвища Малыш. В старые времена маленького ребенка в семье часто называли просто — Малыш, Малец, Малюта. Такое домашнее имя могло закрепиться за человеком на всю жизнь, даже когда он вырастал, и затем перейти к его детям уже в виде фамилии.

В основе фамилии лежит прилагательное «малый» — то есть невысокий ростом или младший по возрасту. Прозвище Малыш давали либо самому младшему ребенку в семье, либо человеку невысокого роста. Обе версии правдоподобны и часто пересекаются: в крестьянской среде мирское имя легко становилось прозвищем и наоборот.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -няк. В русских и украинских фамилиях этот суффикс встречается реже, чем привычные -ов или -ин. Он выполнял роль патронимического показателя: Малышняк — это «тот, кто из рода Малыша» или «сын Малыша». Подобным образом образованы фамилии Рудняк (от Рудый), Черняк (от Чёрный), Дубняк (от Дуб). Суффикс -няк характерен для западнорусских и украинских земель, что может указывать на географическое происхождение рода.

По своему типу фамилия Малышняк — притяжательное прозвище, отвечавшее на вопрос «чей?». Первоначально так называли главу семьи, а затем это прозвище закрепилось за всем родом. Никакого отношения к сословию или социальному статусу фамилия не имеет: её могли носить и крестьяне, и мещане, и казаки — везде, где было принято давать детям «домашние» имена по внешности или возрасту.