Фамилия Малюжинский — одна из тех, где суффикс -ский сразу указывает на географическое происхождение. В отличие от «профессиональных» или «отчественных» фамилий на -ов и -ин, такие фамилии обычно давались по названию местности, которой владел или откуда был родом основатель рода. В данном случае перед нами, скорее всего, фамилия польского или западнорусского (белорусского, украинского) происхождения, образованная от топонима Малюжин или Малюжино. Такие названия встречаются в исторических землях Речи Посполитой: например, деревня Малюжин (Maluszyń) в Польше или несколько поселений с похожим корнем на территории современной Беларуси.

Корень фамилии — Малюж- — вызывает интерес. В славянских языках существует основа «мал-» (маленький), и Малюжа — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Мал или прозвища Малой. То есть Малюжа — это «маленький человек» или, в более широком смысле, младший сын. Такая модель распространена: от уменьшительного имени Малюта (вспомним Малюту Скуратова) образованы Малютин и Малютинский, а от Малюжа — Малюжин и, с добавлением шляхетского суффикса, Малюжинский.

Суффикс -ский традиционно маркировал дворянство в Польше и на западе Российской империи. Если предок был шляхтичем, он мог получить фамилию по своему имению Малюжин. Если же речь о крестьянине или мещанине, фамилия могла возникнуть позже, при переписях, когда человека записывали по месту жительства или выхода — «из Малюжина». В любом случае, носители фамилии Малюжинский — это потомки людей, чья история связана с конкретным географическим пунктом, а само прозвище-основа указывает на невысокого или младшего в семье предка.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду однокоренных: Малюжин (без суффикса -ский, более простой вариант), Малюжников (по профессии, если предок делал малюжки — мелкие предметы), а также Малюгин (от той же основы). Но именно окончание -ский делает фамилию Малюжинский более «аристократичной» по звучанию и указывает на её вероятное польское или западнорусское происхождение, где такие формы были нормой для землевладельцев.