Фамилия Малюжко — один из тех случаев, когда прозвище или мирское имя, данное в детстве, пережило своего носителя и закрепилось за его потомками. В основе лежит корень «мал-», а сама фамилия образована от имени или прозвища Малюга. Суффикс -южко в этой модели редок: он характерен для украинской и белорусской ономастики, где фамилии на -ко встречаются сплошь и рядом, а вот -южко — вариант более локальный, встречающийся в основном на территории современной Черниговщины и Полесья.

Малюгой в XI–XVI веках называли ребёнка, подчёркивая его миниатюрность. Такие имена — Малюта, Малява, Малыш — были широко распространены у восточных славян, причём не только среди крестьян, но и у знати. Известен, например, Григорий Малюта Скуратов-Бельский, опричник Ивана Грозного, хотя его прозвище, скорее всего, имело другую природу. Впрочем, для фамилии Малюжко связь с историческими личностями не прослеживается — это фамилия, возникшая в народной среде, где прозвище закреплялось за целым родом.

Словообразовательная модель проста: основа Малюг- + суффикс -к- (уменьшительный или патронимический) + окончание -о. То есть Малюжко — это буквально «маленький Малюга» или «потомок Малюги». В русской традиции такая фамилия могла бы звучать как Малюгин, но украинский суффикс -ко изменил её облик.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование: Малюга — прозвище невысокого взрослого человека. В быту прозвища по росту давали часто и охотно, и если человек оставался низкорослым, его могли так и называть всю жизнь. В таком случае фамилия Малюжко фиксировала не детское имя, а устойчивую внешнюю характеристику.

Географически фамилия Малюжко привязана к Украине и югу России. По данным современных переписей, наибольшая концентрация носителей — в Черниговской, Сумской и Полтавской областях. Встречается она и в Беларуси, но реже. В России фамилия рассеяна, но без ярко выраженных очагов — скорее всего, результат миграций XIX–XX веков.

Фамилия недвусмысленно указывает на происхождение от имени или прозвища, связанного с малым размером. Споров между версиями немного: обе сходятся на корне «мал-» и на том, что фамилия — типичный пример восточнославянского именования по внешнему признаку.