Фамилия Манагаров — это фонетический вариант фамилии Моногаров, в котором «о» перешло в «а» под влиянием акающих говоров. Основная версия происхождения связывает её с топонимом — названием села Моногара в Винницкой области Украины. Там когда-то располагались греческие колонии, и сам топоним, вероятно, составлен из двух греческих слов: «мониос» (одиноко живущий, нелюдимый) и «агарос» (стремительно текущий, бурлящий). Значит, предок Манагаровых мог быть выходцем из этого села — его прозвали по месту жительства, а затем и закрепили фамилию.

Есть и альтернативная гипотеза — бурятское происхождение. Согласно ей, в основе лежит личное мужское имя Моногара тибетского корня со значением «весь мир, природа». Эта версия менее распространена, но не исключена: фамилия могла возникнуть независимо в разных этнических средах.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Манагара). Такие патронимические фамилии на -ов типичны для русской ономастики и широко представлены у восточных, западных и южных славян. Фамилии возникали от личного прозвища или имени — христианского или языческого, и Манагаров не исключение.

Самый известный носитель — Иван Мефодьевич Манагаров (1898–1981), советский военачальник, генерал-полковник и Герой Советского Союза. Его биография подтверждает, что фамилия бытовала в русской среде и не была редкой.