Фамилия Манагоров — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, «манагор», не встречается ни в современных словарях, ни в древнерусских памятниках в качестве самостоятельного слова. Это заставляет искать корни не в прямом значении, а в диалектах, искажённых формах или профессиональных прозвищах.

Самый вероятный путь — от тюркского или кавказского прозвища. В тюркских языках есть корень «мана» — «значение, смысл», а также «ман» — «я» или «человек». Вторая часть, «гор», может восходить к тюркскому «гёр» — «смотри, видь» или к кавказскому «гор» — «могила, курган». Таким образом, прозвище «Манагор» могло означать «смотрящий за курганом», «хранитель могилы» или, в переносном смысле, «человек, знающий толк в захоронениях». На Кавказе и в Поволжье такие прозвища давали людям, связанным с погребальными обрядами или сторожившим родовые кладбища.

Другая версия — искажение от «моногор» (одногорбый) или «мангор» (кривой, косой). В русских говорах «манга» — это нечто ленивое, неповоротливое, а «гора» в прозвищах часто указывает на высокого или живущего на возвышенности человека. Если человек был сутулым, косым или просто медлительным, его могли прозвать «Манагор» — «кривая гора» или «ленивый, как гора». Такое прозвище — не оскорбление, а бытовая характеристика, типичная для деревенской среды.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. Фамилия Манагоров — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: сын или потомок Манагора. Географически фамилия встречается в основном на юге России, в Ростовской области и Краснодарском крае, а также среди казачества. Это косвенно подтверждает тюркскую или кавказскую версию: именно в этих регионах русские и тюркские языки веками смешивались, порождая необычные прозвища.

В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XVIII–XIX веках. Носители Манагоровы чаще всего были крестьянами или казаками, а не дворянами. Сословная принадлежность невысокая, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с церковными именами или географическими названиями.