Фамилия Манагарова — фонетический вариант фамилии Моногарова. Разница в произношении или записи через «а» вместо «о» могла закрепиться под влиянием акающих говоров. Сама фамилия Моногарова, по одной из версий, отсылает к селу Моногара в Винницкой области Украины. Эта местность известна греческими колониями, и топоним Моногара, вероятно, составлен из двух греческих слов: «мониос» («одиноко живущий, нелюдимый») и «агарос» («стремительно текущий, бурлящий»). Если так, то предок Манагаровых был выходцем из этого села, а фамилия указывает на его географическое происхождение.

Вторая гипотеза ведет к бурятскому языку. Согласно ей, в основе лежит личное мужское имя тибетского происхождения Моногара, которое переводится как «весь мир, природа». В этом случае фамилия образована от имени родоначальника. Обе версии существуют, но первая — топонимическая — выглядит правдоподобнее благодаря четкой привязке к конкретному населенному пункту и его греческому прошлому.

Среди носителей фамилии выделяется Иван Мефодьевич Манагаров (1898–1981), советский военачальник, генерал-полковник и Герой Советского Союза. Его биография — пример того, как фамилия, вне зависимости от спорного корня, прочно вошла в историю.