Фамилия Манахоова — редкий случай, когда написание сразу указывает на её вероятное происхождение. Двойное «о» в суффиксе (-оова) — это не ошибка, а характерная черта фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на -ой. Если бы основа звучала как Манах, мы бы получили стандартную форму Манахов. Но здесь исходная форма — Манахой (или Манахой-человек), что по правилам русской грамматики даёт притяжательное прилагательное «Манахоова» (чьи? — Манахоовых). Такая модель встречается в южнорусских и украинских говорах, где фамилии на -ой, -ий нередко переходили в -оов, -еев.

Корень «Манах» почти наверняка восходит к слову «монах» в его диалектном или старорусском произношении. В древнерусском языке «о» в безударном положении часто переходило в «а» (аканье), а в некоторых говорах сохранялось и в написании. Таким образом, Манахоов — это фонетический вариант фамилии Монохов, образованной от прозвища Монох (монах). Прозвище мог получить человек, который вёл аскетичный образ жизни, работал при монастыре или просто отличался сдержанным нравом. Не исключено, что предок носителя фамилии был монастырским крестьянином или служителем, за которым закрепилось такое прозвище.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, основная масса носителей сосредоточена в Центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает связь с акающими говорами. В документах XIX века похожие формы (Манахов, Манаков) фиксировались у крестьян и мещан, но двойное «о» в суффиксе — большая редкость, указывающая на то, что фамилия не прошла «канцелярскую» унификацию, а сохранилась в народной записи.

Интересно, что фамилия Манахоова не имеет отношения к еврейским или тюркским корням, хотя созвучна некоторым восточным именам. Ономастика однозначно относит её к русским фамилиям, образованным от церковной лексики. Если искать аналоги, то ближайшие — Манаков (от Манак — уменьшительное от Манафей или от «манать» — манить) и Монохов. Но Манахоова стоит особняком из-за своего нестандартного суффикса, который делает её «говорящей» для этимолога с первого взгляда.