Фамилия Мангоян — одна из тех, что сразу выдают географию и этническое происхождение носителя. Она армянская, и её корень, суффикс и ареал распространения говорят об этом безошибочно. В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Мангоян построена по типичной для армянской ономастики модели: основа + патронимический суффикс «-ян» (в старой орфографии «-янц»), означающий «из рода такого-то» или «принадлежащий к».

Основа «Манго» — это, скорее всего, личное имя или прозвище. В армянском языке слово «манго» как имя не встречается, а вот как прозвище могло возникнуть от манго — плода. Но это маловероятно для исторической Армении, где манго не росло. Правдоподобнее версия, что «Манго» — это искажённое или диалектное произношение имени Манук (арм. Մանուկ — «дитя», «отрок»). В армянской традиции имя Манук часто давали как ласковое или охранительное, чтобы обмануть злых духов: ребёнка называли «малышом», чтобы те не обратили на него внимания. От Манук через форму Манго (с утратой конечного «к» в некоторых говорах) и появилась фамилия Мангоян — «из рода Манука».

Географически фамилия Мангоян тяготеет к западным областям исторической Армении, особенно к району Вана и окрестностям. После геноцида 1915 года носители фамилии рассеялись по диаспоре — в России, странах Ближнего Востока, США. В современной Армении фамилия встречается реже, чем в диаспоральных общинах, что тоже указывает на её западноармянские корни.

Словообразовательно фамилия проста: суффикс «-ян» не имеет вариантов, как, например, русские «-ов» или «-ин», и не меняется по родам. Это типичная армянская модель, которая в XIX веке вытеснила более древнюю форму на «-янц». В русской записи фамилия сохранила исходное звучание, без русификации — не превратилась в Мангоев или Мангов, что нередко случалось с армянскими фамилиями в документах Российской империи. Так что Мангоян — это чистая, неадаптированная форма, которая прямо говорит о происхождении предков.