Фамилия Манихины — один из тех случаев, когда за простым суффиксом -ин скрывается неочевидная основа. В отличие от большинства «материнских» фамилий на -ин (типа Марьин, Татьянин), здесь в основе лежит не женское имя, а прозвище или уменьшительная форма мужского имени.

Словообразовательная модель проста: корень Ман- плюс суффикс -их- (или -иха), который в русских говорах часто обозначал женщину по мужу или по характерному признаку. Фамилия Манихин — это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: чей сын? — Манихин. То есть «сын Манихи», где Маниха — прозвище или имя главы семьи.

Самая прозрачная версия — от глагола «манить»: звать, обещать, обнадеживать. В этом случае прозвище Маниха получал человек красноречивый, умевший убеждать, а иногда и тот, кто любил давать пустые обещания. В северных и сибирских говорах «манить» означало ещё и «медлить, тянуть время» — так могли прозвать неспешного, вдумчивого человека.

Вторая версия — ономастическая. Маниха могла быть разговорной формой редкого крестильного имени Мануил (от древнееврейского Иммануил — «с нами Бог»). В народной среде длинные церковные имена часто усекали, и Мануил превращался в Маню, Манюшу, а женская форма Маниха закреплялась за матерью или женой Мануила. Со временем это прозвание перешло на детей и закрепилось как фамилия.

Географически фамилия Манихины редкая. Встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье, где были распространены фамилии на -ихин. Есть и однокоренные варианты — Маничев, Маничков, Манишин, но Манихин стоит особняком из-за суффикса -их-, который в других регионах мог заменяться на -ов.

Фамилия не дворянская и не купеческая — скорее всего, крестьянская или мещанская. В ревизских сказках XIX века Манихины записаны как государственные крестьяне и однодворцы, то есть люди, не знавшие крепостной зависимости, но платившие подати. Точное время возникновения фамилии установить трудно: в письменных источниках она фиксируется не раньше середины XVIII века, но устная традиция могла быть старше.