Фамилия Манина — одна из тех, что образована не от мужского прозвища, а напрямую от женского имени. В её основе лежит имя Мария, которое пришло в русский язык из древнееврейского и означает «любимая», «желанная» или «госпожа». Однако прямой дорогой к фамилии стала не сама Мария, а её просторечная, бытовая форма — Маня.

Такая словообразовательная модель (основа на -а + суффикс -ин) — классический «матроним», то есть фамилия, указывающая на происхождение по матери. В русской традиции это встречается реже, чем отчества от имени отца, но случается, если женщина была главой семьи, вдовой или просто пользовалась большим уважением в округе. Потомок женщины по имени Маня, скорее всего, её сын или внук, получал прозвание «Манин», а позже закрепившуюся фамилию Манина (в женском роде) или Манин (в мужском).

Интересно, что в некоторых говорах «маня» могло быть и самостоятельным прозвищем — так называли медлительного, нерасторопного человека или, наоборот, ласкового, «манерного». Но для фамилии Манина эта версия менее вероятна: имя Мария было одним из самых распространённых в крестьянской и мещанской среде, поэтому антропонимический корень здесь первичен.

Поскольку фамилия записана в женской форме (Манина, а не Манин), она могла закрепиться за женщиной в документах (например, за вдовой) либо изначально фиксироваться в семье, где фамилию давали по матери. Точное место и время возникновения рода Маниных можно установить только через генеалогические разыскания, но сам механизм — от ласкового домашнего имени к официальному родовому прозванию — типичен для русского Северо-Запада и центральных губерний, где матронимы встречались чаще, чем на юге.