Фамилия Манукина образована от имени Манука, широко распространенного в рабоче-крестьянской среде. Оно восходит к крестильному мужскому имени Иммануил (Манука < Мануйло < Иммануил). Это имя имеет древнееврейское происхождение и переводится на русский язык как «с нами Бог». Скорее всего, основатель рода Манукиных был человеком из простого сословия. Менее вероятной представляется связь фамилии Манукина с армянским мужским именем Манук, которое в переводе на русский язык означает«мудрый». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манука, со временем получил фамилию Манукина.