Фамилия Манукина — одна из тех, что хранит в себе историю народной речи. Её основа — имя Манука, которое было широко распространено в рабочей и крестьянской среде. Как же оно появилось? Манука — это просторечная, «домашняя» форма церковного имени Иммануил, возникшая через цепочку Мануйло и далее Манука. Само имя Иммануил древнееврейского происхождения и означает «с нами Бог».

Именно такой путь — от полного церковного имени к его сокращённому, бытовому варианту — типичен для фамилий простых сословий. Поэтому основатель рода Манукиных, скорее всего, был человеком из крестьян или мещан, которого в обиходе звали Манукой. Со временем его дети и внуки получили фамилию по отцу: «чей?» — Манукин, а для женщины — Манукина.

Есть и другая версия, менее вероятная для русской среды, но не исключённая. Имя Манук встречается и в армянской традиции, где оно означает «мудрый». Однако, учитывая, что фамилия построена по типичной русской модели с суффиксом -ин (отвечающим на вопрос «чей?») и имеет корни в народной форме Иммануила, связь с армянским именем — скорее совпадение, чем прямое родство. Фамилия Манукина — это пример того, как церковное, книжное имя превращалось в повседневное и закреплялось в роду.