Фамилия Манукова — пример того, как армянская основа приращивается русским суффиксом. Исходное слово — армянское мужское имя Манук, которое значит «мудрый». От него образован клановый антропоним (по-армянски «азганун»), то есть имя рода. Если бы фамилия осталась в армянской среде, она скорее всего имела бы окончание -ян (Манукян). Суффикс -ов вместо -ян — прямое свидетельство, что фамилия формировалась под русским административным и языковым влиянием, вероятно, на территориях, вошедших в состав Российской империи.

Менее убедительная, но всё же обсуждаемая версия связывает имя Манук с библейским Иммануилом («с нами Бог»). Сторонники этой гипотезы предполагают цепочку трансформаций: Иммануил > Мунуйло > Манук. Однако лингвистически этот переход выглядит натянутым, и большинство ономастов склоняются к прямому армянскому корню «мудрый» без библейского посредничества.

Словообразовательная модель здесь проста: основа Манук + типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). В женской форме Манукова окончание -а сигнализирует о том, что носительница — женщина из рода Мануковых. Первоначально фамилия означала «из семьи Манука» или «дочь/жена Манука».

Поскольку точное время и место появления фамилии зависят от конкретной семейной истории, без генеалогического исследования сказать, когда именно Мануковы закрепились в русском ономастиконе, нельзя. Но сам факт замены -ян на -ов даёт хронологическую привязку: такие изменения активно шли в XIX — начале XX века, особенно при паспортизации и переписях в Закавказье и на Северном Кавказе.