Фамилия Манюкова образована от прозвища или нецерковного имени Манюк. Чаще всего его связывают с глаголом «манить» — «звать лестью, посулами», «дразнить, обманывать», а также «медлить, мешкать». В таком случае прозвище указывало на характер человека: либо он был хитрым и заманчивым, либо нерешительным и медлительным. Это самая прямая и прозрачная версия, и на неё стоит опираться в первую очередь.

Однако у фамилии есть и другие возможные корни. Манюк могло быть народной формой крестильного имени Мануил (в русской традиции — Иммануил, от древнееврейского «с нами Бог»). Это имя носил святой мученик Мануил, пострадавший за веру в 304 году в Сирмии: он мужественно исповедовал Христа перед правителем, был заключён в темницу и, несмотря на уговоры, не отрёкся от веры. Уменьшительная форма Манюк от Мануил — естественна для русской бытовой речи, где полные имена сокращали до одного-двух слогов.

Третья версия ведёт к армянскому имени Манук, что значит «ребёнок», «дитя». Если предки носителя фамилии имели армянские или южнорусские корни, это объяснение тоже вероятно. Спор между версиями решает география: фамилия Манюковы встречается в центральных и южных областях России, где имя Мануил было распространено, а глагол «манить» — общеупотребителен. Армянский след возможен, но менее типичен для русской фамильной модели на -ов.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Манюкова — буквально «дочь (или жена) Манюка». Фамилия закрепилась в женской форме, но по происхождению она отчества от мужского прозвища или имени. Таким образом, первый известный Манюк — человек, которого так прозвали за манеру поведения, либо назвали в честь святого Мануила, либо, в редком случае, армянским именем Манук.