Прозвище Манюк, от которого пошла фамилия, скорее всего, связано с глаголом «манить» — то есть «звать лестью или посулами», «дразнить, обманывать», а также «медлить, мешкать». Человек с таким прозвищем мог быть хитрованом, который заманивает обещаниями, или, наоборот, нерешительным, медлительным — тут уж смотря на какой оттенок значения укажет контекст. Менее вероятная, но любопытная версия отсылает к украинскому «маняк» — «чучело, пугало» или «привидение, кикимора». Если так, прозвище давали с иронией: либо за странную внешность, либо за пугающее или нелепое поведение.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов, который добавлялся к основе на твёрдый согласный. В данном случае основа — Манюк, а окончание -ов указывает на принадлежность: «сын Манюка» или «из рода Манюка». Такая модель была типична для крестьянских и мещанских фамилий центральной России и Поволжья.

В ономастических справочниках фамилия Манюков не относится к числу широко распространённых, но встречается в документах XVII–XVIII веков на территории нынешних Рязанской и Тамбовской областей. Там же фиксируются однокоренные прозвища Маня, Манька, которые могли быть как самостоятельными, так и краткими формами имени Мануил (в просторечии Манюк). Впрочем, связь с полным крестильным именем менее вероятна: в русской традиции уменьшительные формы чаще давали суффиксы -ушк-, -ечк-, а не -юк, характерный для южнорусских и украинских говоров.

Таким образом, Манюковы — потомки человека, которого в своё время прозвали за манеру заманивать, обманывать или за необычный облик, а фамилия закрепилась в тех краях, где говорили на смеси русских и украинских диалектов.