Фамилия Манко — редкий случай, когда географический ключ к происхождению лежит сразу на поверхности, но не ведёт к однозначному ответу. В польском и украинском языках «манко» означает недостачу, убыток, нехватку (от немецкого Manko). Человек, получивший такое прозвище, мог быть нерадивым управляющим или купцом, у которого вечно не сходились счета. Однако эта версия — самая поздняя и бытовая, а корни фамилии могут уходить гораздо глубже.

Словообразовательная модель подсказывает другой путь. Фамилия застыла в форме чистой основы, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это характерно для украинских, белорусских и польских фамилий, а также для тюркских и молдавских. В Западной Украине и Польше «Манько» (с мягким знаком) — распространённая фамилия, образованная от имени Мань, уменьшительной формы от Иван (через Мануйло или напрямую). Твёрдое окончание на -о в фамилии Манко могло закрепиться при русификации или в южнославянской среде.

Есть и более экзотическая, но исторически правдоподобная версия. В испанском языке «манко» — однорукий, увечный. Фамилия могла попасть в Россию через цыганские пути или через потомков греков и итальянцев, осевших в Новороссии. Однако самая прямая связь — с культурой латиноамериканских индейцев: Манко Капак — легендарный основатель империи инков. Эту версию не стоит отбрасывать, если носители фамилии встречаются среди потомков креолов или в среде староверов, бежавших в Южную Америку.

С точки зрения сословной истории, фамилия Манко не принадлежала дворянству. В ревизских сказках XIX века она встречается у мещан и крестьян западных губерний, особенно Волынской, Подольской и Гродненской. Там прозвище «Манко» могло означать просто «маленький» или «младший» — от диалектного «маненький». В любом случае, фамилия невелика по числу носителей, и её обладателям стоит искать предков не по гербовникам, а по метрическим книгам местечек Западной Украины и Беларуси.