Фамилия Манайко звучит на украинский лад, и это первая подсказка. Суффикс -ко — один из самых характерных для украинских фамилий, особенно с запада и центра страны. Он выполнял роль уменьшительности или указывал на молодого, младшего члена семьи: Манай — это основа, а -ко добавляет значение «сын Маная» или «маленький Манай». В польском и украинском ономастиконе такие формы нередко закреплялись за казаками, крестьянами и мещанами, реже — за шляхтой.

Корень Манай, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу. В украинских говорах «мана» — не только «призрак» или «наваждение», но и «обман», «хитрость». Человек, получивший прозвище Манай, мог быть ловким, умеющим выпутаться из любой ситуации, или же, наоборот, мрачным, нелюдимым — «как мана». Менее вероятна, но не исключена связь с тюркским именем Манай (от «ман» — «тысяча»), которое встречалось у ногайцев и крымских татар. В таком случае фамилия могла остаться от смешанных браков или пленных, осевших на украинских землях.

Встречаемость фамилии сосредоточена в западных и центральных областях Украины — Волынь, Подолье, Черкасчина. В России она редка и чаще всего встречается в Краснодарском крае и Ростовской области, куда переселялись украинцы в XIX—XX веках. Вариант написания с буквой «ы» (Манайко) — более старый, он соответствует украинской орфографии до реформы; в современных документах чаще пишут через «и».

Сословно носители фамилии Манайко в основном относились к казачеству и крестьянству. В реестрах Войска Запорожского XVII—XVIII веков встречаются однофамильцы, но установить прямую родственную связь с современными носителями сложно — фамилия могла возникать независимо в разных хуторах. Если ваш предок был Манайко, скорее всего, он жил на хуторе или в небольшом селе, занимался земледелием или ремеслом, а фамилия закрепилась за ним не по отцу, а по деду — через типично украинскую модель «чей?» — «Манайко» (внук или сын Маная).