Фамилия Маненко построена по типичной для восточнославянских фамилий модели: к основе Ман- добавлен суффикс -енко. В украинской и белорусской традициях этот суффикс означает «сын» или «потомок», то есть Маненко — «сын (или потомок) Мани». Вопрос в том, что скрывается за этим уменьшительным именем Маня.

Самый прямой путь — от мужского крестильного имени Мануил (церковная форма Иммануил, с древнееврейского — «с нами Бог»). В быту это длинное имя сокращали до Маня, и от этой формы пошла фамилия. Покровителем этого имени считается святой мученик Мануил, пострадавший за веру в 304 году в Сирмии вместе с Феодосием.

Но есть и другие версии. Маня — это также уменьшительное от женского имени Мария («любимая, желанная; госпожа»). В таком случае фамилия могла означать «сын Марии» или «сын женщины по имени Маня», что не редкость для фамилий на -енко (сравните: Ганненко от Анна, Мариненко от Марина).

Третий вариант — прозвище. Глагол «манить» означает не только звать жестом, но и «обнадеживать, сулить». Маней могли прозвать человека с вкрадчивой речью, сладкоречивого, или же пастуха, который подманивает скотину. В этом случае фамилия отталкивается не от крестильного имени, а от уличного прозвища.

Какая версия правдоподобнее? Самая вероятная — от имени Мануил. Мужские имена чаще давали фамилии, а суффикс -енко исторически закрепился именно в мужской линии. Версия с Марией возможна, но менее типична: женские основы в фамилиях на -енко встречаются реже. Прозвищная гипотеза не исключена, но слабее подтверждена: глагол «манить» в значении «обманывать» дал бы скорее фамилию Манилов, а не Маненко.

Географически фамилия Маненко распространена в основном на Украине и в южных областях России, что подтверждает её украино-белорусское происхождение. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании или о сравнительно позднем закреплении.