Фамилия Мануковская образована от мужского имени Манук (или Манука) — народной формы церковного имени Иммануил. Это имя пришло в русскую традицию из древнееврейского языка, где означало «с нами Бог». Полное звучание — Иммануил — в быту сокращалось до Мануйло, а затем и до короткого Манук. Именно так, через череду упрощений, имя попало в рабоче-крестьянскую среду, где и закрепилось в качестве основы для фамилий.

Фамилия построена по модели с суффиксом -ск-, который указывает на принадлежность к роду или местности. В данном случае Мануковский — это потомок человека по имени Манук. Важно, что фамилия стоит в женской форме — Мануковская, то есть так называют женщину из рода Мануковских. Сама модель на -ский была характерна в основном для дворянства и духовенства, но в XIX веке её переняли и крестьяне, особенно на западе и юге России. Поэтому носительница фамилии могла происходить из семьи, где это окончание указывало не на сословную привилегию, а на региональную моду или грамотность писарей.

Встречается и другая версия: связь с армянским мужским именем Манук, которое переводится как «мудрый». Однако эта гипотеза менее вероятна. Фамилия Мануковская встречается преимущественно в русскоязычной среде, и её словообразовательная цепочка (Манук + -овск-) типична для восточнославянских фамилий, а не для армянских. В армянской традиции фамилии обычно оканчиваются на -ян или -янц, а не на -ский.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что основатель рода Мануковских — простой человек, носивший имя Манук как сокращение от Иммануил. Его потомки, получив фамилию по отцу, со временем стали Мануковскими.