Фамилия Манукин — звонкий пример того, как русская письменность закрепила заимствованное имя, нехарактерное для славянского именослова. В основе фамилии лежит каноническое имя Манук, которое в православных святцах не встречается, но широко бытует у народов Закавказья и Ближнего Востока. Имя Манук восходит к армянскому «манук» — «дитя», «ребёнок» или «юноша»; в переносном смысле оно могло означать «младший», «любимец». В армянской традиции это имя давали как ласковое, домашнее, а со временем оно стало и фамильным.

Модель образования фамилии проста и показательна: к основе Манук прибавлен русский патронимический суффикс -ин. В русской среде суффикс -ин присоединяли к основам на -а, -я и к некоторым другим, но здесь он работает как универсальный адаптер: фамилия Манукин — это по сути «чей?» — «сын Манука». Такая модель типична для фамилий, возникших в зонах активного межэтнического контакта: на Северном Кавказе, в Закавказье, в Астраханской губернии, где русские писцы и чиновники «обрусевали» инородные имена, прикрепляя к ним привычные суффиксы.

Важная деталь: фамилия Манукин не путается с более распространённой Манукян. Разница — в суффиксе: -янц/-янц — армянский фамильный патроним, -ин — русский. Если носитель фамилии Манукин живёт в центральной России или на Кубани, его предок, скорее всего, был крещёным армянином или представителем другого закавказского народа, попавшим в русскую среду в XVIII–XIX веках, чью фамилию адаптировали на русский лад при записи в метрические книги или ревизские сказки.

Встречается и другой, более редкий вариант происхождения: от прозвища Манук, которое в южнорусских говорах могло быть искажением слова «манук» — так называли ручного, прирученного зверя (от «манить»). Но эта версия менее убедительна: географически фамилия Манукин тяготеет к югу и востоку, а не к исконно русским областям, и её ареал совпадает с районами расселения армянских общин.

По сословному составу Манукины — это в основном мещане, купцы или духовенство (в армянской апостольской церкви фамилии на -ин тоже встречались). Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и «Общем гербовнике» не зафиксировано, но отдельные носители могли получать личное дворянство по чину или ордену. В советское время фамилия не меняла формы, хотя в паспортных столах иногда возникала путаница с написанием: Манукин или Манукян.