Фамилия Мануковский образована по одной из самых распространённых в восточнославянской ономастике моделей — с помощью суффикса -ский. Такие фамилии обычно указывали на географическую или родовую принадлежность: «из рода такого-то» или «выходец из такого-то места». В основе фамилии лежит личное имя Манук, которое в русской традиции является народной формой канонического имени Иммануил.

Имя Иммануил пришло из древнееврейского языка и означает «с нами Бог». В быту это длинное имя нередко сокращали и переиначивали: сначала до Мануйло, а затем до короткого Манука. Такие формы были особенно распространены в рабоче-крестьянской среде, где сложные церковные имена адаптировали для повседневного общения. Скорее всего, основатель рода Мануковских был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником, которого в документах записали по имени отца или деда с добавлением типичного дворянского или шляхетского суффикса -ский. Такая практика встречалась не только у знати: в XVII–XIX веках суффикс -ский могли присваивать и крестьянам, особенно в западных и южных регионах Российской империи, где на формирование фамилий влияли польская и украинская традиции.

Менее вероятна связь фамилии Мануковский с армянским мужским именем Манук, которое переводится как «мудрый». Армянское имя имеет собственное происхождение и бытование, и хотя теоретически носитель такого имени мог получить русскую фамилию с суффиксом -ский, для этого требовалась особая ситуация — например, переход в православие или запись в ревизских сказках под влиянием русской администрации. Поэтому версия с древнееврейским Иммануилом выглядит намного правдоподобнее: она объясняет и форму имени, и социальный контекст, и типичный путь превращения личного имени в фамилию.

Таким образом, фамилия Мануковский означает «потомок Манука» (народной формы Иммануила), а её носители, скорее всего, происходят из простых сословий восточнославянских земель, где имя Мануйло и его краткие варианты были обычным делом.