Фамилия Манын — редкий пример, где суффикс -ын, а не более привычный -ин. В русской ономастике -ын обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, но в случае с фамилией Манын корень, скорее всего, уходит в диалектное или тюркское слово, а суффикс мог «прирасти» к основе в процессе адаптации.

Самая прямая версия — отчество от прозвища или имени Маня. В XIX веке Маня не было только уменьшительным от Марии. В южнорусских и украинских говорах «маня» означало «мать, мамушка», а в рязанских и тамбовских — «ласковое обращение к ребенку». В Сибири «маней» называли корову, что могло стать прозвищем пастуха или человека с мягким характером. Фамилия Манын в таком случае означает «сын Мани» или «потомок того, кого звали Маней».

Вторая версия — тюркская. В башкирском и татарском языках «ман» означает «родинка», «пятно» или «метка». Прозвище Ман или Маны мог получить человек с заметной родинкой. Окончание -ын в этом случае не русский падеж, а тюркский аффикс принадлежности («его метка»), который при переносе в русскую среду осмыслился как фамильный суффикс.

География фамилии говорит в пользу обеих версий. Маныны встречаются в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области — там, где русское и тюркское население веками жило рядом. При этом единичные носители есть в центральных областях России, что указывает на возможное переселение или обрусение тюркского корня.

Спорный момент: фамилия могла возникнуть от мужского имени Ман (краткая форма от Емельян или Мануил) с последующим наращением -ын. Однако такая модель нетипична: от Емельяна обычно делали Емельянов, от Мануила — Мануйлов. Поэтому версия с прозвищем или тюркским корнем выглядит убедительнее.

Фамилия не документирована в дореволюционных дворянских родословных — её носители, скорее всего, были крестьянами или однодворцами южных и восточных губерний. Встречается она редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Манын, ваша родовая ветвь, вероятно, ведет начало из Поволжья или Приуралья.