Фамилия Маницын — это не самостоятельное образование, а фонетический вариант фамилии Маницин. Разница в написании объясняется просто: в русских говорах звук «ц» перед «и» часто смягчался до «ц’», что на письме передавалось буквой «ц», но в некоторых диалектах, особенно северных и центральных, на месте «ци» произносили «цы». Так «Маницин» превратился в «Маницын». Оба варианта бытовали параллельно, но закрепился тот, который был ближе местному произношению.

В основе обеих фамилий лежит прозвище Маница. Оно восходит к глаголу «манить» — звать, обнадеживать, обещать, завлекать. В древнерусском языке слово «мана» означало обман, иллюзию, а «манить» — не только привлекать, но и вводить в заблуждение. Поэтому у прозвища Маница мог быть двойной оттенок: либо хитрец, льстец, умеющий обещать и не выполнять, либо, напротив, красноречивый человек, умеющий убеждать и настаивать на своём. Скорее всего, именование закрепилось за тем, кто славился даром убеждения, — в крестьянской среде ценилось умение договориться, а не обмануть.

Суффикс -ин в фамилии Маницын указывает на принадлежность: «чей?» — Маницын, то есть сын или потомок Маницы. Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ на -а/-я: Манина, Маницына, Манихина. Фамилия эта недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где диалектное «цы» вместо «ци» было нормой.

Таким образом, Маницын — это фамилия-отчество от прозвища, связанного с речевым поведением предка. Если ваш предок носил такую фамилию, он, вероятно, происходил из среды, где ценилось красноречие, а его дальний родственник мог зваться Манициным — и это одна и та же родовая линия, разошедшаяся в написании из-за говоров.