Фамилия Малицын — редкий случай, когда основа, скорее всего, не связана с «малиной», хотя первая мысль именно об этой ягоде. Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ын (фонетический вариант -ин) указывает на принадлежность «сын такого-то» или «из семьи такого-то». А вот с корнем сложнее.

Самая правдоподобная версия отсылает к древнерусскому нецерковному имени или прозвищу Малица. В старину так могли называть человека маленького роста — от слова «малый» с уменьшительным суффиксом -ица. Малица — это «малыш», «коротышка». Подобные прозвища были распространены на Руси: вспомните фамилии Малыхин, Малютин, Малеев — все они от той же основы «мал». Фамилия Малицын, таким образом, означает «потомок Малицы». Это объяснение поддерживается и тем, что суффикс -ица в основе встречается в других древних прозвищах (например, Умница).

Вторая версия, менее вероятная, но упоминаемая в ономастике, связывает фамилию с диалектным словом «малица» — так в некоторых северных говорах называли верхнюю одежду из оленьих шкур (кухлянку). В этом случае прозвище Малица мог получить либо портной, шивший такую одежду, либо человек, который её постоянно носил. Однако географически эта версия узкая: слово «малица» бытовало в основном на Русском Севере и в Сибири, тогда как фамилия Малицын встречается в центральных областях России, что делает «малорослую» версию более универсальной.

Интересно, что фамилия Малицын почти не имеет однокоренных «ягодных» аналогов: если бы основа была от «малина», мы бы увидели формы Малинин, Малинкин или Малинов. Отсутствие таких вариантов в пользу Малицына — ещё один аргумент в пользу прозвища, а не растения.

В дореволюционных переписях Малицыны фиксируются в основном среди крестьян и мещан центральных губерний — Тверской, Ярославской, Владимирской. Там же встречается и фамилия Малицын в старых писцовых книгах, что подтверждает её давнюю историю, уходящую в XVI–XVII века. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно — это «народная» фамилия, образованная от бытового прозвища.