Фамилия Манудеин — редкая и неочевидная. Чтобы понять её происхождение, придётся отбросить стандартную логику «имя + суффикс». В ней нет привычных -ов или -ев, а финаль -ин указывает на притяжательное значение: «чей?» — Манудеин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Манудей.

Самая вероятная версия ведёт к крестильному имени Мануил (библейское Эммануил — «с нами Бог»). В русской народной среде это имя часто редуцировали: Мануил превращался в Мануйлу, а в просторечии — в Манудея. Суффикс -ей в таком случае — не греческий, а бытовой, уменьшительно-пренебрежительный, как в именах Тимоха — Тимоха, Степан — Степан. Фамилия Манудеин, таким образом, буквально означает «принадлежащий Манудею», то есть потомок человека, которого в обиходе звали Манудей вместо полного Мануил.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими или кавказскими корнями. В некоторых диалектах «ману» означает «я» или «вот», а «дей» — «говори», «скажи». Однако такая конструкция нехарактерна для русской фамильной модели: суффикс -ин в этом случае пришлось бы объяснять как позднее приращение к уже готовой основе, что встречается редко и только в зонах активного межэтнического контакта. Правдоподобнее считать фамилию русской по форме, но восходящей к каноническому имени.

Географически фамилия Манудеин почти не встречается за пределами нескольких областей центральной России и, возможно, старообрядческих поселений. Суффикс -ин в этой форме (не Мануйлов, а Манудеин) указывает на то, что фамилия закрепилась не в дворянской или купеческой среде, а среди крестьян или мещан, где имя Мануил в бытовом варианте использовалось активно. В документах XVII–XVIII веков подобные формы могли записывать как «Манудеев сын», но со временем фамилия устоялась именно с -ин.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Мануйлов, Мануилов, Мануйленко, — то Манудеин стоит особняком: она сохранила редкий вариант основы, который в других регионах вытеснили более стандартные суффиксы. Для носителя фамилии это значит, что его предки, скорее всего, жили достаточно замкнутой общиной, где прозвище Манудей передавалось по наследству без переделки на «официальный» лад.