Фамилия Мануев — это пример того, как крестильное имя, пройдя через народную речь, превратилось в родовое прозвание. В её основе лежит имя Мануй — одна из бытовых, сокращённых форм церковного имени Иммануил. Само имя Иммануил переводится с древнееврейского как «с нами Бог»; оно известно прежде всего по библейскому пророчеству, но в святцах закрепилось благодаря мученику Мануилу, пострадавшему за веру в 304 году в Сирмии вместе с Феодосием. Именно от формы Мануил в русской традиции и пошли уменьшительные варианты вроде Мануй и Манюта.

Суффикс -ев указывает на типичную модель русских фамилий: так называли сына, внука или человека из рода Мануя. То есть Мануев буквально означает «сын Мануя». Фамилия закрепилась в тех регионах, где имя Иммануил бытовало в простонародной форме — в основном в южнорусских и поволжских говорах, а также среди старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные варианты имён.

Есть и другая, менее вероятная версия. Слово «мануй» в диалектах могло быть связано с глаголом «манить» — дразнить, обманывать, вводить в заблуждение. В таком случае прозвище Мануй мог получить озорник, баловник или хитрец. Однако эта гипотеза уступает первой: имя Мануй хорошо документировано в старых актах, а прозвищная версия опирается на случайное звуковое совпадение, не подкреплённое устойчивой традицией именования.

Таким образом, подавляющее большинство носителей фамилии Мануев ведут свой род от человека, которого в быту звали Мануем — то есть «божьим человеком» в народном переосмыслении имени Иммануил.