Фамилия Мануев образована от имени Мануй, формы крестильного мужского имени Иммануил, распространенного в старину. В переводе с древнееврейского это имя означает «с нами Бог». Покровителем имени Иммануил считался святой мученик Мануил, который вместе с Феодосием пострадал за веру во Христа в 304 году в Сирмии. Согласно другой версии, в основе фамилии лежит прозвище Мануй, которое восходит к глаголу «манить», имеющему значение «дразнить, обманывать, дурачить». В этом случае такое прозвище мог получить баловник, непоседа, задира и др.