Фамилия Мануев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием стоит имя с тысячелетней историей. В её основе лежит имя Мануй — народная, сокращённая форма церковного имени Иммануил. В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог», и в русской традиции это имя давали в честь святого Мученика Мануила, пострадавшего за веру в 304 году в Сирмии.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ев присоединился к основе Мануй, дав отчество «сын Мануя». Со временем это отчество закрепилось как наследственная фамилия. Такая схема — одна из самых распространённых, и она указывает, что предок носителя фамилии, скорее всего, принадлежал к крестьянскому или мещанскому сословию, где фамилии на -ов/-ев оформлялись в XVII–XIX веках.

Существует и вторая, менее вероятная версия. Согласно ей, прозвище Мануй могли дать человеку от глагола «манить» — в старом значении «дразнить, обманывать, дурачить». Тогда родоначальник Мануевых мог быть баловником или задирой. Однако эта гипотеза слабая: имя Мануй как производное от Иммануила задокументировано в святцах и бытовало в народе, а прозвищная версия не имеет под собой устойчивой традиции.

Фамилия Мануев встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. Точное место и время её возникновения установить сложно — процесс становления русских фамилий шёл неравномерно, и в разных губерниях он завершился к разному времени. Но сам факт, что фамилия сохранила древнее библейское имя в его народном, бытовом звучании, делает её ценным свидетельством русской антропонимии.