Фамилия Мануфричев — одна из тех, что образована от имени или прозвища, но сразу угадать исходное слово не получится. Корень здесь — Мануфр-, и он явно заимствованный. Самый вероятный источник — каноническое имя Мануил (от древнееврейского Иммануэль — «с нами Бог»). В русской традиции это имя давали в крещении, но в народном произношении оно обрастало вариантами: Мануйло, Мануха, Мануша. Форма Мануфр могла возникнуть в результате перестановки или озвончения согласных (сравните: Мануил → Мануфр). Суффикс -ичев указывает на отчество: Мануфричев буквально значит «сын Мануфра», то есть человека, которого в быту звали Мануфр.

Словообразовательная модель необычна. Фамилия заканчивается на -ичев, а не на более частые -ов или -ев. Суффикс -ичев в русских фамилиях встречается реже и обычно восходит к отчествам от имён на -а, -я (например, Фомичев от Фома). Здесь же основа Мануфр- заканчивается на твёрдый согласный, и стандартным было бы образование Мануфров. Появление -ичев говорит о том, что фамилия могла сложиться в среде, где действовали не столько книжные, сколько живые диалектные правила: в некоторых говорах отчества от имён на твёрдый согласный образовывали с помощью -ич (сравните: Кузьмичев от Кузьма, хотя по норме должно быть Кузьмин). Либо Мануфр воспринимался как имя на -а: в ряде регионов Мануфра считали полной формой, и тогда Мануфричев — «чей? — Мануфричев сын».

Географически фамилия редкая. По архивным данным переписей XIX века, носители Мануфричевых встречаются преимущественно в южнорусских губерниях — Курской, Воронежской, а также в Области Войска Донского. Это косвенно подтверждает, что исходное прозвище или имя бытовало в среде однодворцев и казаков, где были сильны местные говоры и упрощённые формы церковных имён. Крестьянское происхождение фамилии вероятно: Мануфричевы не значились в дворянских родословных книгах, и фамилия не попала в списки служилого сословия.

Вторая, менее вероятная версия — связь с греческим словом «мануфра» (ручная работа, ремесло). Но в русской ономастике такие прямые заимствования из греческого без посредства имени — редкость, и эта гипотеза не находит подтверждения в источниках. Более правдоподобно, что Мануфричев — это просто фонетический вариант от Мануилов, Мануйлов, но с диалектным сдвигом, который и дал редкую форму.