Фамилия Манузина — один из тех случаев, когда написание немного отошло от исходного звучания. Это фонетический вариант фамилии Манусина. Разница в одну букву («з» вместо «с») возникла, скорее всего, под влиянием живого произношения или местных говоров, где звонкие и глухие согласные могли смешиваться.

В основе обеих фамилий лежит мужское крестильное имя Мануил — сокращённая форма от Иммануил. Имя это пришло из древнееврейского, где означает «с нами Бог». В русской бытовой традиции полное имя часто заменяли уменьшительными формами. От Мануила образовали простую и ласковую форму — Мануся. Именно она и стала основой для фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манузина буквально значит «дочь (или жена) Манузи». То есть фамилия закрепилась за женщиной или была передана по женской линии, что для русских фамилий не редкость, хотя в современном виде она склоняется как женская форма. Мужской вариант — Манузин.

Судя по модели образования (от уменьшительного имени через суффикс -ин), носители фамилии вряд ли принадлежали к высшим сословиям. Такие фамилии обычно получали крестьяне, мещане или ремесленники — те, кого в документах записывали по имени отца или матери в просторечной форме. Так что основатель рода Манузиных, скорее всего, был человеком простого звания, которого в быту звали Мануся.