Фамилия Маняйкин — одна из тех, где сразу понятна модель образования, но сложнее с исходным словом. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маняйкин — это «сын Маняйки» или «человек из семьи Маняйки». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Маняйка.

Самая прямая версия: Маняйка — это уменьшительная форма от имени Маня, которое, в свою очередь, является народным вариантом канонического имени Мария. Для русского крестьянского быта XVI–XVII веков это обычное дело: от полного имени образовывали обиходную форму (Маня), а от неё — ласкательный или пренебрежительный вариант с суффиксом -яйк(а): Маняйка. Такие формы (Ваняйка, Петряйка, Саняйка) встречаются в документах того времени, особенно в северных и центральных уездах. По этой логике Маняйкин означает «потомок Марии».

Есть и вторая, менее очевидная версия. В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, слово «маняйка» могло означать нечто, связанное с манкой, приманкой, или же быть прозвищем медлительного, «манящего» человека. Ономастика знает случаи, когда прозвища, образованные от глагола «манить» (звать, привлекать, обманывать), становились фамилиями — вроде Манилкин или Манилов. Однако для фамилии Маняйкин эта версия слабее: суффикс -яйк(а) характерен именно для личных имён, а не для прозвищ от глаголов.

Географически фамилия редкая, встречается точечно. По данным переписей и телефонных справочников, основное ядро носителей — в Ульяновской области и соседних регионах Среднего Поволжья. Там же фиксируются и однокоренные Маняйкины, Маняйкины. Это косвенно подтверждает первую версию: в Поволжье были сильны традиции старых русских имён, и фамилии на -ин от уменьшительных форм там не редкость.

Таким образом, скорее всего, Маняйкин — это «материнская» фамилия, образованная от имени Маняйка, то есть уменьшительного от Мария. Предок носителя этой фамилии был либо сыном женщины по имени Маня (Мария), либо сам носил обиходное имя Маняйка, что в XVI–XVII веках не было редкостью для мужчин.