Фамилия Мараховка стоит в ряду украинских фамилий на -ка, которые первоначально были прозвищами. Если фамилии вроде Иваненко означали «сын Ивана», то Мараховка — это имя по месту происхождения или по характерному признаку.

В основе фамилии лежит топоним Мараховка — так называется село в Винницкой области Украины. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище Мараховка, которое затем закреплялось за его потомками как фамилия. Такая модель образования типична для украинской ономастики: с помощью суффикса -ка оформляли прозвища выходцев из конкретных сёл или местностей.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с личным именем Марах (из Марк или Авраам), от которого с помощью того же суффикса -ка образовали прозвище. Однако географическая привязка выглядит убедительнее: село Мараховка существует, и фамилия чаще всего встречается в Подолье и соседних регионах.

В русском языке фамилия склоняется как существительное женского рода: Мараховки, Мараховке. В украинском языке ударение падает на второй слог — Мара́ховка, что соответствует названию села.